Практикум по молекулярной динамике — различия между версиями

Материал из md
Перейти к: навигация, поиск
(Как начать работу?)
(не показано 15 промежуточных версии 3 участников)
Строка 1: Строка 1:
Данный практикум для тех, кто желает научиться  молекулярно-динамическому моделированию в пакете Gromacs. В предложенных заданиях рассматриваются конкретные физические задачи, начиная с самых простых, переходя к более сложным. Это позволяет постепенно, шаг за шагом, знакомиться с методом и осваивать пакет.
+
Данный практикум для тех, кто желает научиться  молекулярно-динамическому моделированию в пакете Gromacs.  
 +
В предложенных заданиях рассматриваются конкретные физические вопросы, начиная с самых простых, с последущим переходом к более сложным. Это позволяет постепенно, шаг за шагом, знакомиться с методом и осваивать пакет.
  
Практикум будет полезен студентам, аспирантам, научным работникам, всем, кто хотел бы использовать метод молекулярной динамики.
+
Для работы необходимо, чтобы на вашем компьютере был установлен пакет Gromacs под операционной системой Linux. На сайте приведены советы, как это можно сделать. Для выполнения задания нужно скачать соответствующий архивный файл и следовать указаниям.
  
Для работы необходимо, чтобы на вашем компьютере был установлен пакет Gromacs под операционной системой Linux. Приведены советы, как это можно сделать. После этого, для выполнения задания нужно скачать соответствующий архивный файл и следовать указаниям.  
+
Практикум создан на основе курса "Молекулярная динамика", который читается на физическом факультете НГУ для магистрантов кафедры химической и биологической физики. Курс включает практические занятия, которые выполняются в компьютерном классе под руководством преподавателя. Однако теперь можно работать самостоятельно.
  
Практикум создан на основе на курса "Молекулярная динамика", который читается на физическом факультете НГУ для магистрантов кафедры химической и биологической физики. Курс включает практические занятия, которые выполняются в компьютерном классе под руководством преподавателя. Однако теперь вы можете работать самостоятельно.  
+
Практикум будет полезен студентам, аспирантам, научным работникам, всем, кто хотел бы использовать метод молекулярной динамики в своей работе.
  
Задания разработали А.В.Ким и Н.Н.Медведев, оформление сайта сделал Аникеенко А.В.
+
Разработали практикум А.В.Ким и Н.Н.Медведев, в оформлении сайта участвовал А.В.Аникеенко.
Авторы благодарны Благотворительному фонду Потанина за поддержку данного проекта.
+
  
 +
Данный проект поддержан Благотворительным фондом В.Потанина.
  
===Необходимое матобеспечение===
+
===[[Установка ПО|Установка необходимого программного обеспечения]]===
 
+
# Установка операционной системы Linux
+
# Установка пакета Gromacs
+
# Установка VMD
+
# Установка QtiPlot
+
  
 
===Как начать работу?===
 
===Как начать работу?===
 
# Перейти на страницу выбранного задания. Познакомиться с описанием работы.
 
# Перейти на страницу выбранного задания. Познакомиться с описанием работы.
# Скачать архив с необходимыми файлами.Записать их в соответствующие директории на своем компьютере.
+
# Скачать архив с необходимыми файлами. Распаковать их в удобную для работы директорию на своем компьютере.
# Скачать pdf-файл с описанием работы.
+
 
# Приступить к работе согласно указаниям.
 
# Приступить к работе согласно указаниям.
  
 
==Задания практикума==
 
==Задания практикума==
[[Введение, справочная информация]]
+
[[Введение|Введение, справочная информация]]
 
+
[[Работа 1. Знакомство с пакетом Gromacs]]
+
 
+
[[Работа 2. Изучение влияния величины шага ∆t и расстояния r_cut на точность моделирования]]
+
  
[[Работа 3. Моделирование простой жидкости]]
+
[[Работа 1|Работа 1. Знакомство с пакетом Gromacs]]
  
[[Работа 4. Моделирование и анализ жидкой воды]]
+
[[Работа 2|Работа 2. Изучение влияния величины шага ∆t и радиуса обрезания потенциала на точность моделирования]]
  
[[Работа 5. Моделирование и анализ жидкого метанола]]
+
[[Работа 3|Работа 3. Моделирование простой жидкости]]
  
[[Работа 6. Моделирование и анализ раствора вода-метанол]]
+
[[Работа 4|Работа 4. Моделирование и анализ жидкой воды]]
  
[[Работа 7. Моделирование и анализ жидких С6-алканов]]
+
[[Работа 5|Работа 5. Моделирование и анализ жидкого метанола]]
  
[[Работа 8. Моделирование белка в воде]]
+
[[Работа 6|Работа 6. Моделирование и анализ раствора вода-метанол]]
  
 +
[[Работа 7|Работа 7. Моделирование и анализ жидких С6-алканов]]
  
(''сайт находится в процессе наполнения, приносим свои извинения'')
+
[[Работа 8|Работа 8. Моделирование белка в воде]]

Версия 12:41, 1 марта 2018

Данный практикум для тех, кто желает научиться молекулярно-динамическому моделированию в пакете Gromacs. В предложенных заданиях рассматриваются конкретные физические вопросы, начиная с самых простых, с последущим переходом к более сложным. Это позволяет постепенно, шаг за шагом, знакомиться с методом и осваивать пакет.

Для работы необходимо, чтобы на вашем компьютере был установлен пакет Gromacs под операционной системой Linux. На сайте приведены советы, как это можно сделать. Для выполнения задания нужно скачать соответствующий архивный файл и следовать указаниям.

Практикум создан на основе курса "Молекулярная динамика", который читается на физическом факультете НГУ для магистрантов кафедры химической и биологической физики. Курс включает практические занятия, которые выполняются в компьютерном классе под руководством преподавателя. Однако теперь можно работать самостоятельно.

Практикум будет полезен студентам, аспирантам, научным работникам, всем, кто хотел бы использовать метод молекулярной динамики в своей работе.

Разработали практикум А.В.Ким и Н.Н.Медведев, в оформлении сайта участвовал А.В.Аникеенко.

Данный проект поддержан Благотворительным фондом В.Потанина.

Установка необходимого программного обеспечения

Как начать работу?

  1. Перейти на страницу выбранного задания. Познакомиться с описанием работы.
  2. Скачать архив с необходимыми файлами. Распаковать их в удобную для работы директорию на своем компьютере.
  3. Приступить к работе согласно указаниям.

Задания практикума

Введение, справочная информация

Работа 1. Знакомство с пакетом Gromacs

Работа 2. Изучение влияния величины шага ∆t и радиуса обрезания потенциала на точность моделирования

Работа 3. Моделирование простой жидкости

Работа 4. Моделирование и анализ жидкой воды

Работа 5. Моделирование и анализ жидкого метанола

Работа 6. Моделирование и анализ раствора вода-метанол

Работа 7. Моделирование и анализ жидких С6-алканов

Работа 8. Моделирование белка в воде