Практикум по молекулярной динамике

Материал из md
Перейти к: навигация, поиск

Данный практикум для тех, кто желает научиться молекулярно-динамическому моделированию в пакете Gromacs. В предложенных заданиях рассматриваются конкретные физические вопросы, начиная с самых простых, с последущим переходом к более сложным. Это позволяет постепенно, шаг за шагом, знакомиться с методом и осваивать пакет.

Для работы необходимо, чтобы на вашем компьютере был установлен пакет Gromacs под операционной системой Linux. На сайте приведены советы, как это можно сделать. Для выполнения задания нужно скачать соответствующий архивный файл и следовать указаниям.

Практикум создан на основе курса "Молекулярная динамика", который читается на физическом факультете НГУ для магистрантов кафедры химической и биологической физики. Курс включает практические занятия, которые выполняются в компьютерном классе под руководством преподавателя. Однако теперь можно работать самостоятельно.

Практикум будет полезен студентам, аспирантам, научным работникам, всем, кто хотел бы использовать метод молекулярной динамики в своей работе.

Разработали практикум А.В.Ким и Н.Н.Медведев, в оформлении сайта участвовал А.В.Аникеенко.

Данный проект поддержан Благотворительным фондом В.Потанина.

Установка необходимого программного обеспечения

Как начать работу?

  1. Перейти на страницу выбранного задания. Познакомиться с описанием работы.
  2. Скачать архив с необходимыми файлами. Распаковать их в удобную для работы директорию на своем компьютере.
  3. Скачать pdf-файл с описанием работы.
  4. Приступить к работе согласно указаниям.

Задания практикума

Введение, справочная информация

Работа 1. Знакомство с пакетом Gromacs

Работа 2. Изучение влияния величины шага ∆t и радиуса обрезания потенциала на точность моделирования

Работа 3. Моделирование простой жидкости

Работа 4. Моделирование и анализ жидкой воды

Работа 5. Моделирование и анализ жидкого метанола

Работа 6. Моделирование и анализ раствора вода-метанол

Работа 7. Моделирование и анализ жидких С6-алканов

Работа 8. Моделирование белка в воде