Установка ПО

Материал из md
Перейти к: навигация, поиск

Данный раздел находится в процессе наполнения. Приносим свои извинения.

Linux

Для выполнения заданий практикума подойдёт любой актуальный дистрибутив Linux. Например, весьма распространённым является дистрибутив Ubuntu: http://www.ubuntu.com, http://www.ubuntu.ru.

Если нет возможности установить Linux на отдельный компьютер, то для запуска Linux-окружения можно воспользоваться системой виртуализации VirtualBox, которая доступна для большого количества операционных систем, в том числе Windows и Mac OS X. Инструкция по установке Ubuntu Linux в виртуальную машину: http://ru.wikihow.com/установить-Ubuntu-в-VirtualBox

Также можно воспользоватсья готовым образом виртуальной машины.


Gromacs

В практикуме используется пакет молекулярной динамики GROMACS. В большинстве современных дистрибутивов Linux этот пакет можно установить, используя штатные средства установки/удаления программ. Рекомендуется воспользоваться именно этим способом. Например, в Ubuntu для установки Gromacs можно воспользоваться основным системным установщиком программ, графической утилитой synaptic, или выполнить в командной строке команду:

sudo apt-get install gromacs

Если версия Gromacs, поставляемая с вашей системой, является слишком старой или слишком новой, можно установить нужную вам версию в своей домашней директории. Для этого используется сборка из исходных кодов. В системе должны быть установлены комиляторы языков C и C++, а также система сборки CMake. В Ubuntu их можно установить командой

sudo apt-get install build-essential cmake.

После этого скачивается архив с исходными кодами Gromacs, и производится сборка программы и её установка согласно инструкциям: http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions или http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Building_and_Testing/Cmake.


VMD

В заданиях практикума для отображения молекул широко используется пакет молекулярной визуализации VMD.

Скачать его последнюю версию (требуется регистрация) для нужной архитектуры компьютера можно на странице: http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD.

Инструкция по скачиванию и установке на английском языке: http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ig.pdf.

В качестве быстрого рецепта для установки VMD версии 1.9.2 в Ubuntu Linux с архитектурой x86_64 можно использовать следующую последовательность команд:

wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.9.2/files/final/vmd-1.9.2.bin.LINUXAMD64-RHEL5.opengl.tar.gz
tar xzf vmd-1.9.2.bin.LINUXAMD64-RHEL5.opengl.tar.gz
cd vmd-1.9.2/
./configure
cd src/
sudo make install


Программы построения графиков

Программы для построения графиков xmgrace (используется утилитами Gromacs) и QtiPlot имеют доступные для установки пакеты в основных дистрибутивах Linuх. Например, в операционной системе Ubuntu соответсвующие пакеты grace и qtiplot из репозитория universe можно установить из системного менеджера программ, или выполнив в терминале команды:

sudo apt-get install grace

sudo apt-get install qtiplot

Неофициальная сборка qtiplot для Windows qtiplot-0.9.8.9-build-1.zip